No período colonial, Ilha de muitas lutas

O primeiro registro que temos da ilha é de 1555, quando André Thevet, cosmógrafo da expedição de Villegaignon, descobre Paquetá em sua missão para fundar a França Antártica.Paquetá foi também um dos principais focos da resistência francesa à expedição de Estácio de Sá, que tinha como uma de suas principais missões expulsa-los do país: Os portugueses, aliados aos indigenas Temiminós do cacique Araribóia, contra os franceses, aliados aos indigenas Tamoios do cacique Guaixará.
A chegada de D. João VI a Paquetá, em 1808, no mesmo ano em que a Família Real vem para o Brasil, eleva a ilha a um relevante status cultural junto à Corte e à população da cidade. Paquetá assumia o papel de centro político.
Vários nobres e personalidades importantes passaram a frequentar ou mesmo morar em Paquetá. Destacamos a presença de José Bonifácio de Andrada e Silva, o Patriarca da Independência, que em 1829 afasta-se da Corte por motivos políticos e se exila em Paquetá.
Com a colonização e o crescimento da cidade, Paquetá passou a exercer um papel importante como produtora de hortaliças, frutas e legumes e pedras e cal para construções.
No final deste século, a ilha passaria pelo que foi, provavelmente, o seu momento mais difícil: A Revolta da Armada. Em 1893, a Marinha de Guerra deflagrou um movimento insurrecional contra o governo do Marechal Floriano Peixoto. Paquetá foi, involuntariamente, base de operações para os revoltosos, ficando isolada do Rio de Janeiro por seis meses.